Les autochtones de l'Ouganda comprennent les communautés des traditionnels chasseurs-cueilleurs Batwa et Benet et des pasteurs comme les Karamojong. Le gouvernement ne les reconnaît pas comme autochtones.
Les Karamojong sont des pasteurs transhumants qui vivent dans la région négligée de Karamoja au nord est. Ils sont environ 955.245 dans une population totale d'approximativement 26 millions.Les Benet, anciens chasseurs-cueilleurs, sont environ 20.000 et vivent aussi dans le nord-est du pays. Les 6.700 Batwa, (désignés aussi comme Pygmées) sont également d'anciens chasseurs-cueilleurs et vivent dans le sud-ouest. Ils ont été dépossédés de leur terre ancestrale quand les forêts de Bwindi et de Mgahinga furent déclarées parcs nationaux en 1991.
La constitution ne prescrit aucune protection particulière pour les autochtones mais aménage une "discrimination positive" (affirmative action) en faveur des groupes marginalisés. La Loi sur la terre de 1998 et le Statut national de l'environnement de 1995 protègent les intérêts coutumiers sur la terre et l'usage traditionnel des forêts. Cependant ces lois autorisent aussi le gouvernement à exclure les activités humaines de toute zone forestière déclarée protégée, annulant ainsi les droits coutumiers sur la terre des peuples autochtones.
Source : IWGIA - The Indigenous World